Cuando los portugueses llegaron a Indonesia en el siglo XVI, ya existía una civilización evolucionada desde hacía miles de años.
Al inicio de 1600 los holandeses tomaron el mando e instauraron un gobierno local. En 1945, Sukarno consigue proclamar la independencia de la nación y cuatro años más tarde se reconocen los Estados Unidos de Indonesia. Desde ese momento se hicieron frecuentes las revoluciones de carácter musulmán a las que respondían los movimientos de oposición comunistas y pro-holandeses, hasta que en 1971, el general Suharto tomó el poder, que conservó hasta 1998.
Todavía hoy la influencia política del ejército es un grave problema, mientras cada vez tienen más fuerza los movimientos separatistas de grupos étnicos locales.
En 2002 la parte oriental de la isla de Timor obtuvo su independencia.
